Современные цифровые микроскопы в большинстве случаев представляют собой комбинацию двух основных модулей: механической увеличительной системы с возможностью масштабирования и видеосистемы с автофокусировкой. Именно с их помощью реализуются все основные функции микроскопа: исследование объектов и процессов, несложные измерения и т. д. Использование разнообразных комплектующих позволяет существенно улучшить удобство использования и расширить функционал такой конструкции, как профессиональный usb-микроскоп. Купить их можно у самых различных производителей.

Для решения большинства задач достаточно объектива 0,5х с рабочим расстоянием и передаточным отношением оптического масштабирования равными, соответственно, порядка 172 и 1:14. Разрешение увеличенного изображения в 480 линий/мм вполне достаточно для снижения нагрузок на глазную систему при рассмотрении мелких деталей исследуемого объекта.

Камера usb-микроскопа должна быть отцентрирована относительно его оптической оси. Для этого в zoom-модуле и блоке камеры имеются специальные метки, которые при правильной настройке должны совместиться. При выполнении такого выравнивания также обеспечивается строгая перпендикулярность сенсора и оптической оси, что просто необходимо для качественной работы профессионального usb-микроскопа. Удобная работа с этим прибором обеспечивается с помощью дополнительных аксессуаров, в том числе, калибровочных маркеров, ножных педалей, вспомогательных объективов, осветителей, штативов и т. д. Например, ножная педаль позволяет плавно изменять увеличение, если у пользователя заняты обе руки, а вспомогательные объективы обеспечивают большее увеличение при необходимости получения более точной информации об объекте. Если же в рабочем помещении недостаточная освещенность, то в этом случае выручат осветители различных конструкций: флуоресцентные круговые, оптоволоконные кольцевые и др.

Программное обеспечение также намного облегчает эксплуатацию профессиональных usb-микроскопов. Преимущества такого специализированного ПО заключаются в простом и быстром контролируемом процессе захвата и анализа изображения (причем не только единичных картинок, но и видео). Также обеспечивается создание каталогов с сохраненными данными (в форматах JPG, TIFF), названными с учетом времени и даты проведения операции. Это позволяет исключить вероятность случайного удаления важных файлов.